Usando PHP, que al entrar verifique si la cookie 'x' existe, si no existe que envíe el popup y cree la cookie para que no aparezca más.
EDITO: Aquí tienes el código:
<?
if(!$_COOKIE['cookies']) {
setcookie("cookies", "si", time()+84600);
?>
<script>
alert("Texto de la alerta");
</script>
<? } ?>
(Invalid img)
No es la gran cosa pero espero que te pueda servir